Sự ẩn dật của vi sinh vật: vi sinh vật chui vào tế bào để tránh tác dụng của kháng thể và kháng sinh. Vi khuẩn lao, hủi ký sinh bên trong tế bào, một số virus chui vào tế bào và gắn ADN của chúng vào nhiễm sắc thể.
Vi khuẩn tiết ra các yếu tố ngăn cản hệ thống bảo vệ của cơ thể. Tụ cầu vàng tiết ra protein A bao xung quanh tế bào vi khuẩn, ngăn cản tác dụng của kháng thể IgG. Do protein A gắn với phần Fc của IgG. Phế cầu và não mô cầu tiết ra protease thủy phân IgA, một kháng thể quan trọng trong cơ chế ngăn cản vi sinh vật xâm nhập vào niêm mạc.
Sự thay đổi kháng nguyên của vi sinh vật, điển hình như virus cúm và HIV đã hạn chế tác dụng của miễn dịch đặc hiệu.
Các vi sinh vật đã tấn công hệ thống miễn dịch. Ví dụ các virus sởi và HIV đã đánh vào các tế bào hệ miễn dịch dẫn tối suy giảm miễn dịch. Điển hình là HIV xâm nhập và phá huỷ các tế bào lympho TCD4 và đại thực bào.
Nhiều virus, trước đây chỉ gây bệnh cho động vật, đã biến dị, trở nên gây bệnh cả cho người, một số đã gây thành dịch nguy hiểm như: HIV, SAKS, cúm gia cầm…
Tóm lại: độc lực của vi sinh vật bao gồm nhiều yếu tố. Mỗi vi sinh vật có một số yếu tố độc lực quyết định. Cơ chế gây bệnh của vi sinh vật là phụ thuộc vào yếu tố độc lực. Vì vậy, nắm được các yếu tố độc lực của mỗi vi sinh vật sẽ giúp ta hiểu được các biện pháp phòng chống vi sinh vật.